耶稣堡呈“大”字形，长100多米，宽约80米，城墙建在珊瑚岩上，高15米，厚2.4米，大门上布满约10厘米长的尖钉，以防大象的冲撞。南面和东面面向大海，有天然的珊瑚岩削凿的石墙作屏障，是个易守难攻的军事要塞，扼守着蒙巴萨港。

耶稣堡经过四百年风雨的侵袭和兵燹的蹂躏，能够保存下来，确实不容易。在这个过程中，耶稣堡曾有过几次修葺与改建，城墙不断加高，又修建几堵胸墙和一些雉堞，但原来的基本面貌还是保留下来。走进城堡，登上制高点眺望，我们看到，城堡大致呈长方形，东西长，南北窄。细加审视，城堡颇似一个头朝东、两手平举、两脚蹲立的人体。在"头"的部分，有驻军司令部的指挥室和弹药库，南北两侧各有一个兀然矗立的圆形角楼。角楼面向大海，是观察海上动向的了望哨。在"四肢"部分，也就是城堡的四个角上，各有一个高大的四方形的炮楼。这时对付各方面来敌的主要军事设施。在炮楼的包围之下的"人体"部分，形成一个很大的院落。院子的西边有一眼水井和一方很大的水塘，为驻军提供和储存日常需要的淡水。水塘旁边是一座天主教教堂。教堂的建筑已经毁弃，只留下基石在为历史作证。院子的南北两厢是营房。紧靠营房的则是胸墙和其他防御工事，便于驻军随时进入防御阵地。在院子的里边和外边，到处可见陈列着一排排口径约半米的大炮。这些大炮，有的是葡萄牙人遗留下来的，有的是阿拉伯人使用过的。进攻和防卫、侵略与反侵略，这些大炮都是过去四百多年历史的见证。

城堡大院南边的营房前面，有一排平房，是这座城堡博物馆的展室。展室的前面，整整齐齐地摆放着一排十八门大炮，还有一些十来磅重的炮弹。这是英国人遗留下来的，是在城堡的弹药库中发现的。走进展览室，里边也展览有一些兵刃以及作为军用的皮鼓和号角。这些大多是19世纪的阿拉伯人在占领与守卫城堡时使用过的。但是，展室中最多的不是军事用品，而是在城堡或其附近发现的历史文化用品。其中，有当地黑人和阿拉伯人制造的木雕、乐器、陶器、皮革和各种工艺品，有来自印度和泰国的瓷器，来自波斯的地毯和镶嵌着珍珠的香木盒，来自葡萄牙的古币和日用器皿。特别引人注目的是，展室中陈列着一百六十多件来自中国的瓷器。其中，多数是1956年在城堡中发掘出土的，以明朝末年和清朝初年的青瓷居多，也有其他年代的彩瓷和白瓷。据介绍，那次发掘一下子发现一千三百多件古瓷片，其中只有少数瓷器是完整或比较完整，能够拿出来展览。展出的其他中国瓷器，分别出土于蒙巴萨附近的盖迪、马林迪等城镇，打捞自沉没在海底的圣安东尼奥·达·塔纳号护卫舰上。这些中国瓷器表明，蒙巴萨及其附近的其他沿海城镇，早在14世纪就开始进口中国瓷器。15世纪，明朝航海家郑和曾到达马林迪。因此，在马林迪发现的瓷器，有的可能是他的船队带来的。但是，多数瓷器不是直接从中国进口，或是经阿拉伯和波斯商人，或是经葡萄牙和印度船只运抵这里的。这至少表明，中国早在六百多年前就同东非海岸地区有了间接贸易关系。直到19世纪中期，欧洲制造的瓷器大量涌来，从中国进口瓷器的贸易才渐趋停止。

蒙巴萨是新航路上的重要补给点和货物集散地，于是成为争夺的目标。1589年，奥斯曼土耳其帝国派远征军占领蒙巴萨并修筑城堡。1593年，葡萄牙人攻占了蒙巴萨，并于1593到1596年期间按照意大利建筑学家若昂·巴蒂斯塔·凯拉托的设计在港湾岬角处修建更大的城堡以俯视和控制港口。由于葡萄牙传教士也随着商船四处布道，城堡因其外形像一人形就被命名为耶稣堡，旨在表明葡萄牙人奉行一手握长剑、一手执圣经的"刚柔两手"政策，即在通过武力在军事上征服与占领蒙巴萨的同时，也要通过基督教从精神上征服与占领蒙巴萨。因此，城堡建成后，葡萄牙人将其驻军司令部设在里边，同时，在城堡中也修建教堂，招来传教士，向当地人传授基督教。1696年，阿曼苏丹开始围攻城堡，葡萄牙人抵抗了两年零9个月后投降。

1824年，英国船队开进蒙巴萨港。英国人利用马兹鲁伊家族同桑给巴尔苏丹国的矛盾，把国旗插在蒙巴萨。1875年1月，英国人以协助弹压叛乱为借口，派兵进驻耶稣堡。1887年，英国人从桑给巴尔苏丹国"租借"肯尼亚沿海10英里宽的地带，站稳对整个东非进行殖民活动的脚跟。1895年7月，英国宣布肯尼亚为其"东非保护地"，首府是蒙巴萨。此后，英国当局把耶稣堡内的一些营房和茅棚拆掉，在原址上修建牢房，从而使耶稣堡成为一座关押敢于反抗其殖民统治的非洲人的监狱。

1901年，英国人完成修建从蒙巴萨直到乌干达的铁路，随后宣布肯尼亚为其"直接殖民地"，首府从蒙巴萨搬迁到内罗毕。英国在肯尼亚和整个东非殖民统治的确立，使蒙巴萨变成英国在东非地区，甚至包括乌干达、卢旺达、布隆迪和扎伊尔东部地区在内的广袤非洲腹地的海上门户。蒙巴萨西边的基林迪尼水域，水深少浪，被辟为新港区，取代了耶稣堡外边的老港区。这样，耶稣堡逐渐失去其扼守蒙巴萨港口咽喉的作用。

1958年10月，耶稣堡改成国家公园，1962年改成国家博物馆，2011年被列入联合国教科文组织世界遗产名录。